为激励研究生勤奋学习、潜心科研、勇于创新、积极进取，进一步促进教育公平，提高研究生培养质量，东南大学积极响应党和政府的学生资助政策，对纳入全国研究生招生计划的全日制研究生（定向在职研究生除外）实行包括优秀奖励、学业资助、勤工俭学、困难补助、助学贷款、代偿补偿等方面的奖励资助措施。具体包括以下方面。
一、研究生奖学金
1.研究生国家奖学金。用于奖励特别优秀的全日制研究生。其中，硕士生每生每年2万元，博士生每生每年3万元。研究生国家奖学金每年5月评审， 11月30日前，学校将当年研究生国家奖学金一次性发放给获奖学生。
2.研究生学业奖学金。用于激励全日制研究生勤奋学习、潜心科研，更好地完成学业。根据研究生学业成绩、科研成果等因素确定不同获奖等级。每年11月30日前，学校将当年研究生学业奖学金一次性发放给获奖学生。
3.东南大学教育基金会奖学金。用于奖励品学兼优的优秀研究生，每年上半年、下半年各评选一次。
4.港澳及华侨学生奖学金。用于鼓励港澳及华侨研究生来内地学习，增强他们的祖国观念，激励他们勤奋学习。
5.台湾学生奖学金。用于鼓励和支持更多的台湾地区学生来我校学习，增强他们对祖国的认同感，鼓励他们勤奋学习。
二、研究生助学金
1.国家助学金和学校助学金。用于资助纳入全国研究生招生计划的全日制研究生（有固定工资收入的除外），补助研究生基本生活支出。博士生除了国家助学金外，同时获得学校助学金。
2.“三助”岗位津贴。学校设置研究生“三助”（助教、助管和助研）岗位，并提供“三助”岗位津贴。助教和助管酬金由学校发放，学生参加助管和助教的时间原则上每周不超过8小时，每月不超过40小时，每小时不低于18.5元。固定岗位津贴800元/月。助研津贴则由导师根据研究生的具体科研情况发放。
3.勤工助学。研究生在学有余力的前提下，可以利用课余时间参加学校组织的勤工助学活动，通过劳动取得合法报酬，改善学习和生活条件等。
4.东南大学教育基金会助学金。基金会助学金用于资助家庭经济贫困的学生顺利完成学业，资助优秀学生出国深造和参加国际学术会议等各类学术交流项目，支持学生活跃校园文化，繁荣学生社团等。
5.东南大学教育基金会紧急救助基金。旨在帮助罹患重大疾病、遭遇意外人身伤害或其他突发事件，而给家庭生活或支付医疗费用带来困难的研究生，给予适当的经济资助，使其渡过难关。
6.“绿色通道”。家庭经济特别困难的新生如暂时筹集不齐学费和住宿费，可在开学报到时，申请学校开设的“绿色通道”，缓缴学费和住宿费，先行办理入学手续。
7.学校还设有家庭经济困难研究生生活补助、寒假研究生返乡补助等专项补助等项目。
三、研究生国家助学贷款
家庭经济困难的全日制研究生可申请办理国家助学贷款，解决学费和住宿费缴纳困难问题，研究生每人每年最高不超过16000元，在校期间贷款利息由国家承担。助学贷款期限为学制加15年，最长不超过22年。
国家助学贷款分为生源地信用助学贷款和校园地国家助学贷款。有贷款需求的学生可向户籍所在县（市、区）的学生资助管理机构咨询办理生源地信用助学贷款，或入学后在学校申请办理校园地国家助学贷款。同一学年内，有贷款需求的学生只能选择申请办理一种类型国家助学贷款。
四、研究生基层就业学费补偿助学贷款代偿
对应届毕业研究生，自愿到中西部地区和艰苦边远地区基层单位就业、服务期达到3年以上（含3年）的，实施相应的学费补偿或国家助学贷款代偿。研究生毕业后每年补偿学费或代偿国家助学贷款的最高金额不超过16000元，分三年补偿代偿完毕。
五、服兵役研究生国家教育资助
对应征入伍服义务兵役、招收为士官、退役后复学或入学的研究生实行学费补偿、国家助学贷款代偿、学费减免。学费补偿或国家助学贷款代偿金额，按学生实际缴纳的学费或获得的国家助学贷款（包括本金及其全部偿还之前产生的利息，下同）两者金额较高者执行；复学或新生入学后学费减免金额，按学校实际收取学费金额执行。学费补偿、国家助学贷款代偿以及学费减免的标准，研究生每生每年最高不超过16000元，超出标准部分不予补偿、代偿或减免。